代かき・田植え（準備段階）
通常の稲作と同様に田んぼの土壌を整地し、田植えを行います。この時点でも、化学肥料は一切使用しません。
冬期湛水（とうきたんすい）
最も特徴的な工程です。秋の稲刈り後から翌春の田植え直前まで、田んぼに水を張ったまま維持します。
冬眠する生き物や水生昆虫のために越冬場所を提供し、多様な生物の生息地とすることで、コウノトリの餌場ネットワークを年間通じて維持します。
徹底した除草対策
農薬が使えないため、雑草との戦いが最も重要な作業になります。
深水管理（ふかみずかんり）: 田植え後、通常より深い水位（約10cm）を保ち、光合成を阻害して雑草の生育を抑えます。
紙マルチ栽培の利用: 田植えと同時に紙を敷設し、物理的に雑草が生えるのを防ぐ技術を利用することが多いです。
手作業・機械除草: それでも生えてくる雑草は、農家が人力や専用の機械を使ってこまめに取り除きます。これは非常に労力がかかる作業です。
生き物優先の水管理
通常行う「中干し」の時期を遅らせたり、期間を短くしたりして、田んぼの生き物（特にオタマジャクシや水生昆虫）が成長しきるまで田んぼの水を抜かない工夫をします。
